项目布局
默认布局如下：native.artifact_root 可以把 comet/ 放到项目内的其他相对目录。例如 artifact_root: docs 对应 docs/comet/。共享配置和当前选择仍位于 .comet/。
.comet/config.yaml
这是 Native 与 Classic 共用的项目配置位置。完整 schema、示例和修改方式见 Native 配置；这里列出与 Native 产物直接相关的字段：
Classic 自有设置可以保留在同一个文件中，但不会改变 Native 状态机。修改 artifact root 应使用
comet native root move，让 Runtime 事务化迁移；不要只改 YAML 后手动移动目录。
用户可读产物
brief.md
Brief 定义这次 change 的目标和边界，包括 Outcome、Scope、Non-goals、Acceptance examples、约束、已确认决定、未解决问题和验证期望。[blocking] 表示仍存在必须由用户决定的行为。
完整目标规格
changes/<change>/specs/<capability>/spec.md 描述归档后该 capability 的完整行为。它不是只能与旧文档合并阅读的 delta patch。
Runtime 根据 canonical spec 是否存在推导操作：
create：归档时创建新的 canonical spec；replace：用完整目标规格替换旧版本，但要求旧版本 hash 未变化；remove：通过 CLI 明确删除 capability。
spec rebase 重新绑定最新 canonical spec；旧验证会失效。
verification.md
验证报告记录实际命令、结果、跳过理由、已知限制、总体结论和逐项 Acceptance evidence。Runtime 会保存不可变报告快照，并把它与当时的 contract、scope 和 revision 绑定。
Runtime 管理的状态
comet-state.yaml
每个 active 或 archived Native change 都有独立的 comet-state.yaml。它记录 phase、revision、approval、approved_contract_hash、verification 与规格操作等机器状态。进入 Build 时，approved_contract_hash 把 approval 绑定到当时的 brief/spec contract；后续 contract 漂移必须取得用户重新确认。不要手改这些字段，也不要把它与 Classic change 的 .comet.yaml 混为一谈。
Run、trajectory 与 checkpoint
- Run state 保存当前 continuation 与修复状态；
- trajectory 保存有界的阶段摘要、时间点和证据引用，不保存隐藏推理；
- checkpoint 保存当前阶段内的摘要、下一动作和内容寻址 artifact manifest，供新会话恢复。
Selection
.comet/current-change.json 记录当前写入属于哪个 workflow/change。它让共享 Hook Router 在一个项目启用多套工作流或多个 change 时仍能把写入交给唯一 Guard。只读 status 不会靠副作用改变 selection；选择 change 使用 comet native select <change-name>。
有界读取与内容寻址
Native 对 change 数量、规格大小、finding、Acceptance ID、输出和归档树设置预算。列表与详情使用绑定当前内容集合的 cursor；输入变化后旧 cursor 会明确失效。baseline-manifest.json 是创建 change 时捕获的有界项目快照。Git provider 只纳入 tracked 与未被 ignore 的 untracked 文件并原子表示 submodule/gitlink；非 Git 项目使用带前后枚举围栏的有界物理树 provider。创建或 v1/v2 migration cutover 时 baseline 必须完整；当前 v3 baseline 不能用当前文件自动重建。
实现范围、规格基线、当前 snapshot、验证报告、check receipt、checkpoint manifest 与归档预检都使用 hash 绑定。当前 snapshot 不完整时不会推断删除；变化明细超预算时，scope-detail-overflow 用计数与内容 hash 保留其余变化的结构化事实。这样可以判断证据是否仍对应当前事实，而不是只相信“已经验证过”的文字声明。
Git 枚举还会显式报告 git-selection-changed 与 git-enumeration-limit。前者必须等 index 稳定后重试，绝不可授权；后者应优先通过缩小或清理项目所有范围、或后续产品预算调整来恢复。baseline 创建与 migration cutover 必须完整，没有 partial 授权；仅在之后的 current snapshot 中恢复不可行、Runtime 返回带计数与内容 hash 的可授权 scope，且用户理解未知尾部风险时，git-enumeration-limit 才可使用精确 hash、理由与 --confirmed 走普通 partial 协议。两者都不能通过手改 evidence 绕过。
物理树枚举会显式报告 physical-selection-changed 与 physical-enumeration-limit。前者要求等待并发文件操作结束，后者要求缩小项目树或移出非项目内容；两者都无法稳定绑定未知尾部，在 current snapshot 中也不能通过 partial scope 授权。
下一步阅读 安全与恢复，或在 Native CLI 查看对应命令。